酶替代疗法是一种医学治疗方法，当患者体内缺失特定的酶时，通常采用此法进行酶替代，这种方法是：通过静脉注射，向患者体内注射含有缺失酶的药剂，替代缺失的酶。
酶替代疗法常用于治疗溶酶体贮积症的治疗，此类疾病中的戈谢病（Gaucher disease）、MPS I、MPS II、法布里病（Fabry）、GSD II型等多种疾病均可采用此种方法治疗。
采用酶替代疗法治疗的患者并不能将疾病彻底根除，正如糖尿病需要定期注射胰岛素一样，只能通过定期注射缓解症状，此类药物只有国外为数不多的罕见病药物厂家生产，单次注射的价格高，因此这种方法的总体治疗费用很高。