顶复合器门的原生动物 (Apicomplexanprotozoa)含有一个高度退化的质体样 (plastid like)细胞器 ,定名为apicoplast。来自apicoplast的clpC基因和它在其他质体和细菌中的同源物用来重建apicoplast的系统发育史。使用邻接法 (Neighbor Joining)、最小进化法 (MinimumEvolution)、最大简约法 (MaximumParsimony)和最大似然法(MaximumLikelihood)建立进化树。