早期表位作图或定位(epitopemapping)主要是采用精细的、但十分繁琐的蛋白质化学方法。这些方法是基于蛋白质修饰和降解的原理，可经侧链化学修饰法选择性地标记氨基酸，失去结合的部分将被测出。蛋白质抗原被降解为小片段，经测序后确定抗体结合的位点。虽然其结果在蛋白化学中是非常完美的例子，但是要确定某一抗原的全部表位需要大量的时间。分子克隆技术和肽链合成方法的进展极大地促进了表位作图方法的改进。现已可以通过诱变、蛋白质合成或蛋白竞争结合方法鉴定其表位。此外，表位序列测定的应用对抗体结合表位的分析具有显著的优越性。表位作图方法也可用在其他方面的研究，如蛋白质功能活性的定位，以及特殊标志的结合区分析。

通过重组cDNA克隆的Tn5转座子诱变技术获得的疟原虫表面抗原表位作图

质粒pEG81转座子(Tn5)表位作图：该图显示了57个独立的Tn5插入部分的位置，用Hindm消化纯化的质粒DNA，确定丁pEG81的HindⅢ酶切位点的插入突变。PEG81：：Tn5—121右侧的插入能被PvuⅡ和BamHI消化，证明它们在pEG81的插入方向正确。PstI消化证实了Tn5的cDNA插入。用Psti消化pEGSl导致340bp限制性片段的消失，推测系Tn5插入该片段所致。圈中数字表示该插入对携带质粒细胞的溶解产物与2G3结合无影响，菱形内数字表示含质粒细胞溶解产物不再与抗体结合。

 

    对单克隆抗体和多克隆抗体识别蛋白质抗原表位的确定为免疫化学分析提供了十分有用的信息。表位作图方法是检测免疫反应特异性和鉴定不同抗体的重要方法。它也被用来确定相关物质的特性，如蛋白修饰位点、蛋白片段的来源或该蛋白在细胞膜上的定位。利用结合特异性表位的抗体可以对蛋白质结构域、蛋白质功能和蛋白质间相互作用体可以确定相关蛋白质在细胞内的定位，以及测定相关蛋白质的特异性或修饰其功能。

    表位作图可用于检测免疫反应特异性或不同抗体的鉴别，亦可用来确定蛋白质的特性，如蛋白质的位点、蛋白质片段的来源以及蛋白质在细胞中的定位。

    表位可根据其功能的不同分为两种不同类型：①线性表位(1inear)：为小的线状肽链序列，约为5～20个氨基酸；②构象表位(conformational)：由蛋白折叠而形成的较大的区域。抗原—抗体结合晶体结构研究表明存在两种类型的表位。

    线性表位的抗体结合位点与其氨基酸侧链骨架之间形成了较强的多样性结构，并与相邻的肽链序列连接在一起，这些表位也被称为连续性表位。事实上线性表位需要某些局部的结构变形或为紧密的、但并非连续的氨基酸序列，如那些兼性。螺旋结构。因此，所谓线性表位的描述是不够确切的。所有与抗体结合位点功能相关的结构，均位于一个肽链片段之中。而来自于该片段之外的其他序列，对于抗体结合位点的构成并非重要。

    构象表位宜对较大的蛋白区表位作图。这些表位表现出侧链间的相互作用，虽然在折叠蛋白质结构中构象表位彼此非常靠近，但其间被较长的线性序列相互隔开。连续性表位或接近连续性的氨基酸序列对蛋白质的降解作用有抵抗能力。而那些非连续性表位结构在蛋白质未能折叠的情况下将会失去活性，这也是两种不同表位在功能上不同的关键所在。

    在免疫印迹反应中，抗体能够识别耐蛋白降解的表位，它们在蛋白抗原上的结合位点能够被精确地定位，直到很小的肽链片段。

    构象表位的精确定位极为困难。竞争性试验可用来确定2个或2个以上的抗体是否识别相同的蛋白质抗原空间不连续表位或重叠位点。大分子蛋白质常含有50—100个氨基酸组成的不连续折叠构象。因此，利用重组DNA技术，可以定位那些构象性表位，至少可以确定其肽链片段。