新冠病毒的进化证据也显示了选择压力。在受关注变种以及免疫功能低下患者所感染病毒株中都可以看到趋同突变（Convergent mutations ），特别是S蛋白的N 末端结构域 （69-70del、Y144del 和 157-158del） 和受体结构域 （K417N和 E484K） 上的缺失突变。这些突变都与抗体逃逸有关，或可能增加新冠病毒的传播性。

受关注变种，尤其是alpha变种的出现就体现了这些趋同突变的流行优势。Alpha变种包含S蛋白上多个突变的快速进化，并在人群中快速传播。不断出现的其他受关注变种以及这些变种亚种的出现，提示我们病毒仍在不断进化，新的变种可以迅速占据流行地位，正如最近delta变种席卷全球。