巨自噬(Macroautophagy)是研究最为广泛的途径，其涉及胞质内蛋白、功能异常的细胞器和细胞内病原物的降解。此过程包括吞噬泡(phagophore) 的形成,进而发展为自噬体(autophagosome) ,自噬体含有细胞质成份或细胞器。
自噬体系，包括吞噬泡（phagophore)的组装位置、前自噬体结构（pre-pautophagosomal structure，PAS)及其调控涉及到30多个自噬相关基因(ATG蛋白)包括Beclin 1,激活分子AMBRA1, Damage-regulated autophagy modulator (DRAM),溶酶体相关膜蛋白(Lamp1 & 2 (CD107a & b),微管相关蛋白 A/ 1B 轻链(MAP1LC3A/B)。