ICTV 2019的分类是基于系统发生学，而构建系统发生关系的主要依据来自病毒基因组和蛋白的结构，尤其是病毒标志基因(virus hallmark genes, VHGs)，通常决定了某个类群内病毒的最关键和保守的复制机能或者病毒粒子形态。常见的病毒标志基因包括复制酶(RdRP, RT)、第3超家族解旋酶(S3H)、主要衣壳蛋白(SJR-MCP, DJR-MCP)和滚环复制起始核酸内切酶(RCRE)等。而遗传物质类型、病毒粒子结构、理化和血清学特性、宿主等，实际上是病毒的表型，是重要的分类鉴定原则，却不是决定性和本质性的建类依据（除非有充足的理由推断具有某表型的病毒是同源的）。所以你会惊奇地发现，DNA的乙肝病毒(HBV)却属于核糖病毒域Riboviria，而dsDNA的人乳头瘤病毒(HPV)却属于单链DNA病毒域Monodnaviria，这样的例子颇有其在。切勿认为域的划分与严格对应核酸类型，这是认识ICTV 2019系统很容易犯的一个错误。