巨噬细胞是吞噬细胞，可以消除不适合的细胞、微生物和代谢废物，并产生大量的生物活性分子和生长因子。除了单核细胞衍生性巨噬细胞--它们是脊椎动物造血干细胞的寿命较短的后代，大多数动物拥有寿命较长的组织巨噬细胞。在小鼠中，这些细胞起源于早期中胚层红系骨髓祖细胞（erythromyeloid progenitor），而红系骨髓祖细胞在原肠胚形成后不久就侵入胚胎，是大多器官间叶原基内的基础细胞类型。驻留巨噬细胞具有组织的特定用途。例如，破骨细胞对骨骼的发育和重塑至关重要，而中枢神经系统中的小胶质细胞支持神经回路发育，库普弗细胞在肝脏中清除血液颗粒和垂死的红细胞，而肺泡巨噬细胞吸收表面活性剂并从呼吸道中清除空气中的污染物和微生物。