“粪菌移植”（Fecal microbiota transplantation，FMT），其定义是，将健康人粪便中的功能菌群，移植到患者胃肠道内，重建新的肠道菌群，实现肠道及肠道外疾病的治疗。也被少数人称为Fecal transplantation、Fecal bacteriotherapy和Intestinal microbiota transplantation，可分别可译为“粪便移植”、“粪菌治疗”和“肠菌移植”或“肠微生态移植”。迄今，全世界已有约3万余例患者接受粪菌移植治疗.
“粪菌移植”（Fecal microbiota transplantation，FMT），其定义是，将健康人粪便中的功能菌群，移植到患者胃肠道内，重建新的肠道菌群，实现肠道及肠道外疾病的治疗。在国际合作组对此词进行统一之前，也被少数人称为Fecal transplantation、Fecal bacteriotherapy和Intestinal microbiota transplantation，少数情况下被译为“粪便移植”、“粪菌治疗”和“肠菌移植”或“肠微生态移植”。
粪菌移植(fecal microbiota transplantation,FMT) 作为重建肠道菌群的有效手段，已用于难辨梭状芽孢杆菌 (Clostridium diffcile) 感染等多种菌群相关性疾病的治疗和探索性研究，并被认为是近年的突破性医学进展。然而，这不是一项单纯的技术，而是一种体系。如果假设该体系健全，而且假设 FMT 最终被证明可以用来有效治疗特定状态 ( 或特定类型 ) 的难治性肠道感染、难治性炎症性肠病、癫痫病、肝病、肿瘤合并的肠道疾病、糖尿病合并的神经病变以及自闭症合并的过敏症等 ( 统称肠道菌群相关性疾病 )，那么，这在医疗技术类型和学科分类构架中又如何定位 FMT 呢？更重要的是，在中华粪菌库紧急救援计划从2015年起实施之后的 1 年中，获得异地救治的患者数量远远不足实际需求的数量，关键的困难不是 FMT 的本身价值，而是很多医生还不相信 FMT，甚至无法理解 FMT。要促进 FMT 体系的认知和应用，利用整体整合医学 ( 也称整合医学 ) 概念 可能是重要的出路。
2012年，张发明等在The American Journal of Gastroenterology杂志从医学史的角度进一步回顾了粪菌移植的发展史，将用粪菌移植治疗人类疾病的历史文献记载，从原来西方公认的1958年，改写成至少1700以前，还指出了粪菌移植在现代医学中的发展方向。中国传统医学有用人粪治疗人疾病的记载。公元300年至400年间，东晋时期，葛洪《肘后备急方》（也称《肘后方》）记载，用人粪清治疗食物中毒、腹泻、发热并濒临死亡的患者。述“饮粪汁一升，即活”，可见有奇效。《肘后备急方》是中国第一本急症医学书籍，也是世界上最早记录青蒿作为疟疾患者的“救命草”的文献。用人粪便治疗多种消化道急危重症的应用，在明朝几乎达到极致。李时珍所著《本草纲目》（1596年出版），记载用人粪治病的疗方多达二十多种。鉴于粪菌移植的关键原理，是移植供者粪便中健康的菌群，所以，发酵粪便的上清液、新鲜粪汁和小儿粪，都可理解为含有粪便菌群。以此逻辑和如下判断标准：来源人的粪便；给入到消化道；给入物质推测含有大量存活菌群；治疗方法、疾病和疗效可鉴，可以判断，最早用人粪便治疗人的疾病文献记载，可能是《肘后备急方》。这一医学史的发现，在《美国胃肠病学杂志》于2012年11月发表后，很快引起美国、欧洲专家重视，并在《新英格兰医学杂志》、《美国胃肠病学杂志》、《消化内镜》等杂志的大量论文引用。
2012年11月1日，中国大陆、港、台、澳、加拿大、美国媒体报道，张发明是率先在中国开展现代标准化粪菌移植的医生。所谓标准化粪菌移植，是在实验室内借助现代仪器设备人性化地分离获得高度纯化的菌群，再经内镜或者引流管将量化的菌液输注到患者肠内。
依据文献报道，粪菌移植已经用于难辨梭状芽孢杆菌感染、炎症性肠病、顽固性便秘、代谢病、肠道免疫缺陷、肠道过敏等疾病。
2013年4月，美国Surawicz等将粪菌移植被首次写入临床指南，用于治疗复发性难辨梭状芽孢杆菌感染[3] 。这种成分含混不清的“偏方”在西方国家有了正式的医学地位，是 FMT在其医学史上的标志性进步。
2013 年， Zhang 等报道 FMT 成功治疗严重克罗恩病合并肠内瘘感染，为 FMT 适应证扩大到腹腔感染性病变或脓肿提供了新依据，这是第一例用标准化粪菌移植（经中消化道）成功治疗严重克罗恩病合并肠内瘘感染，随访1年内维持缓解[1] 。
2015 年，Cui 等 报道FMT 直接或者联合激素治疗脱离激素依赖型状态，提出 FMT 升阶治疗策略 (step-up FMT strategy)。2016 年，日本研究者报道 FMT 成功治疗高剂量激素依赖的溃疡性结肠炎案例；FMT 成功治疗急性移植物抗宿主反应的激素依赖和激素抵抗。这些研究，为传统概念中的免疫性疾病的治疗打开了新的视窗，其发挥作用的关键是依靠整体菌群[2] 。
2015年，中华粪菌库（fmtbank）紧急救援计划作为非营利性公益计划，由南京医科大学第二附属医院和第四军医大学联合发起，由国家消化系统疾病临床医学研究中心管理运行，救治对象为全国所有医院的难辨梭状芽孢杆菌感染、未明确病原体感染的伪膜性肠炎[2] 。
2017年，澳大利亚在Lancet杂志报道其开展随机对照研究，结果支持FMT有效治疗溃疡性结肠炎。
供体按照来源可分为异体和自体两类。异体来源是主流，异体来源供体的筛选方法是在纳入标准下使用严格的“排除法”，是用药史、病史、感染与常见病原体检验指标等进行筛查，排除可能影响肠道菌群的因素，从而获得最健康的供体。虽然菌群分析有利于评估菌群，但是，筛选最佳粪便供体，依靠检验、表型和其他因素共同决定，离不开整体思维，而单一的微生物组学分析尚不足以用来作为筛选依据。综合目前文献对 FMT 供体的要求，结合本中心的基础 并提出供体多维标准，包括年龄、生理、病理、心理、诚信、时间、环境、受者 8 方面，通过一系列表格式问卷和检验检查清单逐一筛查[2] 。
FMT 的状态可分为发酵、新鲜和冻存 3 种形式。
粪菌给入途径分为上消化道、中消化道、下消化道 3 种途径。上消化道途径主要指口服粪菌胶囊；中消化道途径包括通过鼻肠管、胃镜钳道孔、经皮内镜胃造瘘空肠管；下消化道途径包括结肠镜、灌 肠、 结 肠 造 瘘 口、 以 及经 内 镜 肠 道 植 管 术(transendoscopic enteral tubing, TET)等。 TET 作为新的内镜技术，其保留肛内时间平均 12.4 天，患者满意度是 98.1。医生应针对患者的不同情况和各种途径的特点选择其最合适的输入途径。[2]
FMT 的安全性当成为临床决策的首要考虑因素。一直以来，报道的不良事件纷繁杂乱。其实，分析学术杂志和学术会议上口头报道的 FMT 不良事件，可以得出结论 ： FMT 发生并发症 ( 或不良事件 ) 主要与主观上认为 FMT 简单且客观上用简单方法 ( 泛指相关方法学 ) 开展 FMT 有关，最容易发生不良事件的受者是免疫状态差和肠道溃疡严重的患者。最严重的不良事件是麻醉状态下因为呕吐物误吸而死亡，国际上报道发生过 1 例。[2]
FMT 必须遵循其伦理学原则。在中国，目前还存在一些医疗单位伦理否决的现象，这属伦理过度限制，生命优先的原则没有得到体现。然而，将 FMT 推向高度商业化方向，以及在公众媒体使用戏谑之词，是伦理过度放松。