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  • 蛋白质序列中间经过翻译后加工而去除的区段
  • 沉降系数(sedimentation coefficient)

    用离心法时,大分子沉降速度的量度,等于每单位离心场的速度。或s=v/ω2r。s是沉降系数,ω是离心转子的角速度(弧度/秒),r是到旋转中心的距离,v是沉降速度。沉降系数以每单位重力的沉降时间表示,并且通常为1~200×10-13秒范围,10-13这个因子叫做沉降单位S,即 1S=10-13秒,如血红蛋白的沉降系数约为4×10-13秒或4S。大多数蛋白质和核酸的沉降系数在4S和40S之间,核糖体及其亚基在30S和 80S之间,多核糖体在100S以上。

    沉降系数(sedimentation coefficient, s) 的测定原理与方法  

    沉降系数(sedimentation coefficient,s)
    根据1924年Svedberg(离心法创始人--瑞典蛋白质化学家)对沉降系数下的定义:颗粒在单位离心力场中粒子移动的速度。
    To call the parameter which characterizes the movement of the particle at the centrifugal force place。
    沉降系数是以时间表示的。
    蛋白质,核酸等生物大分子的S实际上时常在10-13秒左右,故把沉降系数10 -13 秒称为一个Svedberg单位,简写S,量纲为秒。
    [ Adopted unit ] second
    [ Another unit ] 1 svedberg = 1E(-13) sec
    [ SI unit ] second
    因随溶剂的种类、温度的变化而变化,所以通常是换算成20℃纯水中的数值,进一步算出分子间无作用力和浓度为零时的外插值。沉降系数是以分子量、分子形状和水等情况来决定,其作为生物体大分子的一个特征是很重要的。
    沉降系数的测定
    沉降系数通过分析离心机测定。
    通常只需要几十毫克甚至几十微克样品,配制成1~2毫升溶液,装入分析池,以几小时的分析离心,就可以获得一系列的样品离心沉降图。根据沉降图可以作样品所含组分的定性分析,亦可以测定各组分的沉降系数和估计分子大小,作样品纯度检定和不均一性测定,以组分的相对含量测定。
    沉降系数的测定原理
    沉降系数的测定原理就是在恒定的离心力场下测定样品颗粒的沉降速度。
    因为样品颗粒很小,不能直接看到它们的沉降运动,所以把离心时样品颗粒的界面移动速度看作是样品颗粒的平均沉降速度。通常使用Schlieren和吸收光学系统来记录界面沉降图。在沉降图中样品界面一般表现为一个对称的峰,峰的最高点代表界面位置。(图)
    通常沉降系数测量精度为±2%,但是如果面界图型表现为不对称峰型,或希望沉降系数测量精度达到±1%或更小的情况时,按峰的最高点作为界面位置就不够了这时应该使用二阶距法计算界面位置。
    基本原理
    物体围绕中心轴旋转时会受到离心力F的作用。当物体的质量为 M、体积为V、密度为D、旋转半径为r、角速度为ω(弧度数/秒)时,可得:
    F=Mω2r 或者 F=V.D.ω2r (1)
    上述表明:被离心物质所受到的离心力与该物质的质量、体积、密度、离心角速度以及旋转半径呈正比关系。离心力越大,被离心物质沉降得越快。
    在离心过程中,被离心物质还要克服浮力和摩擦力的阻碍作用。浮力F}和摩擦力F}}分别由下式表示:
    F’=V.D’.ω2r (2)
    F’’=f dr/dt (3)
    其中D}为溶液密度,f为摩擦系数,dr/dt为沉降速度(单位时间内旋转半径的改变)。
    基本原理
    在一定条件下,可有 :
    F=F’+F’’
    V.D. ω2r =V.D’ω2r + f. dr/dt
    dr/dt =Vω2r (D-D’)/f (4)
    式(4)表明,沉降速度与被离心物质的体积、密度差呈正比,与f成反比。若以S表示单位力场(ω2r=1)下的沉降速度,则
    S=V (D-D’)/f
    S即为沉降系数。
    沉降系数对于生物大分子来说,多数在(1~500)×10-13秒之间。为应用方便起见,人们规定1×10-13秒为一个单位(或称1S)。一般单纯的蛋白质在1~20S之间,较大核酸分 子在4~100S之间,更大的亚细胞结构在30~500S之间。
    以蛋白质为例
    溶液中的蛋白质在受到强大的离心作用时,如果蛋白质溶液的密度大于溶剂的密度,蛋白质分子就会下沉,在离心场中,蛋白质分子所受到的净离心力(离心力减去浮力)与溶剂的摩擦力平衡时,每单位离心场强度定值,这个定值即为沉降系数(sedimentation coefficient)。沉降速度用每单位时间内颗粒下沉的距离来表示。
    测定方法:
    ⑴样品:蛋白质
    ⑵样品溶液与离心:将样品溶于缓冲液中,用一定规格的双槽分析池,一边加入溶液一边加入溶剂。分析池与平衡池平衡重量,使平衡池比分析池轻0.5g以内,然后分别装入分析转头。抽真空。开Schlieren光光源,选择工作速度,室温离心。转动腔达到真空后离以机开始运转加速,此时在观察窗口可以看到离心图型。达到工作速度后恒速离心。
    以蛋白质为例
    待看到样品峰的尖端后即可以间隔照相。照完相即可关机,取出样品液,清理转头和分析池。照相用强反差显影冲洗后即得Schlieren光路沉降图形照片。
    ⑶沉降图像测量:Schlieren沉降图可以用比长仪,读数显微镜,或投影仪测量。测量时把沉降图像的底片放于测量仪器上,使液面的垂直线与测量仪中的垂直线重合,然后用十字标线依次测量内参孔,液面,界面峰尖,和外参考孔的位置,每个图像至少读测三次,取平均值。依次把每个图像依同样方法测量,把数据列成表。
    (4)沉降系数S的计算:代入公式计算。

    离心图像的分析
    当离心刚开始时如果见到有快速沉降的峰,几分钟内就到达分析池底部,一般多是由于样品发生部分聚合形成快速沉降的高聚物。离心达速后样品的的记心图像显示一个对称的峰形,一般可以认为样品是离心均一的。但是对样品的真正均一性还应用其他方法进一步检测,如电泳,层析等。某些混合样品偶然亦会给出一个对称峰的。峰形通常会随时间而扩展,这是由于样品扩散的结果。但如果峰形扩展很快,则该样品可能是多分散性的。如果离心图像中表现几个峰,说明样品中有几个组分,每一个峰代表相应组分的沉降界面,因此可以测定每一个组分的沉降系数值。根据峰的面积可以测量组分的浓度值。
    有时离心的图像表现出一个不对称的峰,这可能是由于下列几种情况所致。①几个沉降系数接近的组分峰形重叠,②样品是多分散性的,其分子量分布不均匀,③某些相互作用强的高分子,其沉降速度对浓度依赖很大。若测定于高浓度,在界面区由于浓度变化造成沉降速度不一致而致峰形呈不对称分布
  • 例如由同种mRNA前体经可变剪接而产生的不同蛋白质
  • 通过克隆化基因的表达产物反过来研究体内蛋白质的生化特性
  • 内质网上与信号识别颗粒相互作用从而使蛋白质继续翻

  • 通过非酶促反应在赖氨酸的ε氨基上加葡萄糖最后形成半缩酮结构
  • 可特指含有多个不同亚基的蛋白质
  • 蛋白质边翻译边整合于内质网膜的过程
  • 通过紫外激光照射使蛋白质与核酸发生交联
  • 蛋白质边翻译边通过内质网膜的过程
  • 反应生物大分子立体结构的实体模型
  • 未负载tRNA位于A部位时,核糖体产生pppGpp和ppGpp,触发严紧型反应
  • 有时特指由趋同进化而产生的相似蛋白
  • 存在于细胞质或细胞核中的甾类激素信号分子的蛋白质受体,与甾类激素结合后暴露出DNA结合部位。
  • steel factor-青灰因子 (热度: 1691)
    癌基因产物c-kit的配体,最初发现与小鼠的青灰色表型有关
  • pliocene epoch-上新世 (热度: 1984)
    上新世


    上新世是地质时代中第三纪的最新的一个世,它从距今530万年开始,距今180万年结束,上新世是英国C.莱伊尔于1833年命名的。上新世前是中新世,其后是更新世。

    如同其它许多比较老的地质时代,上新世与其它相邻的时代的岩床的分界定义分明,但其精确的时间范围还不十分准确。上新世与中新世之间的边界不是一个全球性的事件,而是地区性的从比较温暖的中新世转化为比较寒冷的上新世,上新世与更新世之间的边界一直被认为从更新世冰川的开始,但最近的分析认为这个边界有点太晚了。

    根据不同的动物上新世又可分为三个期:

    上新世晚期(杰拉阶) (258.8—180.6万年)

    上新世中期(皮亚琴察阶) (360—258.8万年)

    上新世早期(赞克尔阶) (533.2—360万年)

    气候


    上新世时气候开始变冷变干,四季比此前的中新世分明,有点象今天的气候。上新世开始前后南极洲开始被冰雪覆盖,中纬度的冰川在上新世末期前也已发展,北冰洋的冰层形成。上新世末南极洲已经终年被冰雪覆盖。

    古地理


    上新世时大陆板块继续向它们今天的位置移动,上新世初它们离今天的位置约为250千米,上新世未它们离今天的位置约70千米。南美洲与北美洲通过巴拿马地峡连接到一起,导致南美洲的有袋目动物几乎灭绝。巴拿马地峡的形成对地球的气候有很大影响,原来沿赤道的大洋暖流被切断,大西洋开始变冷,大西洋和北冰洋的水温降低。

    非洲板块与欧洲板块的碰撞使地中海开始形成。古地中海消失。

    海面的降低使亚洲和阿拉斯加之间形成了一条地峡。

    在地中海、印度和中国有上新世的海底岩石暴露,其它地方上新世的海底岩石一般在海岸附近可以找到。

    植物


    上新世气候的变化对植物带来的变化很大,全世界热带种类减少,落叶森林扩展,北方被松柏林和冻土地带覆盖,除南极洲外在所有的大陆上草原扩张。只有在赤道地区还有热带森林,在亚洲和非洲热带大草原和沙漠出现。

    动物


    不论是海生动物还是陆地动物,上新世的动物已经相当现代化了,陆地动物还有些原始。最早的类人的动物在上新世末出现。

    非洲与欧亚大陆的碰撞,南北美洲之间的地峡的形成和亚洲和北美洲之间的地峡的形成导致过去分散存在的种类混合、迁徙和互相接触。

    草食动物和一些肉食动物变大。

    哺乳动物

    在北美洲,啮齿目动物、乳齿象和铲齿象类,负鼠依然昌盛,而有蹄类动物则变少,骆驼、鹿和马的数量降低。犀牛、貘和爪兽类灭绝。食肉动物中鼬鼠家族种类增多,犬科和熊科也很成功。树懒、雕齿兽和犰狳等沿巴拿马地峡从南美洲进入北美洲。

    在欧亚大陆上啮齿动物繁荣,而灵长目的分布范围减小了。象、鬣齿兽和剑齿兽属动物在亚洲繁盛。蹄兔从非洲进入亚洲,马的分布减少了,而爪兽类和犀牛相当成功。牛和羚羊也很繁盛,一些骆驼从北美洲进入亚洲。鬣狗和早期的剑齿虎出现。

    在非洲有蹄类动物最多,灵长目动物继续它们的进化,上新世末期南方古猿出现。啮齿动物和象的数量增加,牛和羚羊不断有新的种类出现,后来它们的种类和数量多于猪的种类和数量。早期的长颈鹿出现了,骆驼从北美洲经过亚洲进入非洲。马和现代的犀牛出现。食肉动物有熊、犬科动物、鼬鼠、猫科动物、鬣狗和香猫。在这么多竞争者的压力下鬣狗开始成为腐食动物。

    白垩纪后北美洲的动物首次重新进入南美洲,北美洲的啮齿动物和灵长目动物与南美洲的类似动物混合。南美洲的滑距兽、雕齿兽、树懒和小的犰狳比较成功。

    在澳大利亚最主要的哺乳动物依然是有袋目动物,其中包括食草的袋熊、袋鼠和双门齿目动物。肉食的有袋动物有袋狼和袋狮,啮齿动物进入澳洲,蝙蝠也很繁荣。单孔目的今天的鸭嘴兽出现了。在海洋中鲸是最大的哺乳动物。

    海洋


    上新世的海洋依然相当温暖,但其水温在不断下降。北冰洋的冰盖形成后使得气候变得干燥,北大西洋上的浅寒流加剧。

    除鲸外海洋中的哺乳动物还有海牛、海豹和海狮。
  • satellite DNA-卫星DNA (热度: 1644)
    真核细胞染色体DNA经氯化铯密度梯度离心,其高度重复序列因组成不同而在主带旁自成一条或数条条带
  • 在I组内含子所编码的酶作用下将内含子转移至无内含子的相应基因中
  • amido black-酰胺黑 (热度: 845)
    可用于蛋白质SDS-聚丙烯酰胺凝胶的染色
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