中断时间序列（ITS）是对具有时间序列特点的结果变量进行分析，评价干预措施是否有效的类实验设计方法。相对于单组ITS，两组ITS可以更好地控制干预前混杂因素的影响，评价干预措施的效果。本文阐述两组ITS的设计原理和统计方法，以两市疾病发病率为例，采用Prais-Winsten法和Newey-West法拟合线性回归模型，并对结果进行了详细的解释和比较。在干预实施的时间窗口中存在多个政策转变时，两组ITS可以更好地平衡序列干预前已存在的趋势，科学地估计干预措施有效性具有重要的现实意义，为项目效果评价提供一个新的思路。