2008 年，在西伯利亚南部的 Denisova 洞穴发现了一块来自 40000 年前的指骨碎片。骨骼中含有保存完好的 DNA，Pääbo 及团队对其进行测序，结果表明：与尼安德特人和当今人类的所有已知序列相比，新发现的 DNA 序列十分独特。

Pääbo 发现了一个此前未知的原始人类，并将其命名为 Denisova（丹尼索瓦人）。将测序结果与来自世界不同地区的当代人类序列进行比较表明，丹尼索瓦人和智人之间同样发生了基因流动。这种关系首先出现在美拉尼西亚和东南亚其他地区的人群中，这些人群携带高达 6 的来自丹尼索瓦人的 DNA。