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Pathway Clster

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生物路径丛


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生物路径丛 (Pathway Clster) 概念
目前在复杂疾病的研究上,一般以使用类似的表型以减少样本间的异质性。然而,表型的同质化并不等于基因型的同质化。再者,一个疾病可能只是多种表型类似,但起源(基因)不同的病征组合。这个概念虽曾在文献中被提出过,但科学家所使用的简化表型方法并不尽理想。譬如在精神疾病领域,许多学者提出 ”endophenotype”,也就是「内在生物表型」这个概念。但他们所提出的操作方法,仅只是简单化(或减化)表型,譬如:以解剖学、影像学,或症兆定义上来减化,而没有着眼在减化「参与病征发展的生化路径」上。
这个问题的主要瓶颈在于科学家对于疾病发展的机制还不够了解。因此,中研院潘文涵教授3 提出以下建议:在现今大量产生的基因表现数据上,运用「数据探勘 (data mining)」的方法,进行群组分析 (cluster analysis);将这些资料分成若干个群组内相关,但群组间不相关的多个群组,每一个群组可能代表一两个少数源头基因、和一些他的下游基因的表现状态。所得群组同构型高且接近病原的潜在基因,因此可视为「生物路径丛」的指针。
我们首先用遗传流行病学的方法学来检验,这些群组是否具遗传性,再用此表现群组所得的分数(数量性状)或再进一步切割出来的 0/1 性质来进行基因定位,成功率必大为增加。




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