与Piwi蛋白相作用的RNA称为piRNAs。piRNAs在基因组中显示出与众不同的定位类型，主要成群地分为长20–90kb的基因簇，其中的长片断的小分子RNA只能来源于单链。相似的piRNAs在人类和小鼠中均有发现，大部分基因簇出现在同一染色体的位置上。虽然piRNA的功能仍然需要研究阐明，但是生殖细胞中的piRNA富集现象和Miwi突变导致的男性不育表明piRNA在配子形成的过程中起作用。
参考资料：
1.Lau NC, Seto AG, Kim J, et al. Characterization of the piRNA complex from rat testes. Science, 2006,313:363-7.