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  • 基因芯片的原理

          基因芯片(gene chip)的原型是80年代中期提出的。基因芯片的测序原理是杂交测序方法,即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法,可以用图11-5-1来说明。在一块基片表面固定了序列已知的八核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列TATGCAATCTAG,与基因芯片上对应位置的核酸探针产生互补匹配时,通过确定荧光强度最强的探针位置,获得一组序列完全互补的探针序列。据此可重组出靶核酸的序列。

           基因芯片又称为DNA微阵列(DNA microarray),可分为三种主要类型:1)固定在聚合物基片(尼龙膜,硝酸纤维膜等)表面上的核酸探针或cDNA片段,通常用同位素标记的靶基因与其杂交,通过放射显影技术进行检测。这种方法的优点是所需检测设备与目前分子生物学所用的放射显影技术相一致,相对比较成熟。但芯片上探针密度不高,样品和试剂的需求量大,定量检测存在较多问题。2)用点样法固定在玻璃板上的DNA探针阵列,通过与荧光标记的靶基因杂交进行检测。这种方法点阵密度可有较大的提高,各个探针在表面上的结合量也比较一致,但在标准化和批量化生产方面仍有不易克服的困难。3)在玻璃等硬质表面上直接合成的寡核苷酸探针阵列,与荧光标记的靶基因杂交进行检测。该方法把微电子光刻技术与DNA化学合成技术相结合,可以使基因芯片的探针密度大大提高,减少试剂的用量,实现标准化和批量化大规模生产,有着十分重要的发展潜力。

          它是在基因探针的基础上研制出的,所谓基因探针只是一段人工合成的碱基序列,在探针上连接一些可检测的物质,根据碱基互补的原理,利用基因探针到基因混合物中识别特定基因。它将大量探针分子固定于支持物上,然后与标记的样品进行杂交,通过检测杂交信号的强度及分布来进行分析。基因芯片通过应用平面微细加工技术和超分子自组装技术,把大量分子检测单元集成在一个微小的固体基片表面,可同时对大量的核酸和蛋白质等生物分子实现高效、快速、低成本的检测和分析。

          由于尚未形成主流技术,生物芯片的形式非常多,以基质材料分,有尼龙膜、玻璃片、塑料、硅胶晶片、微型磁珠等;以所检测的生物信号种类分,有核酸、蛋白质、生物组织碎片甚至完整的活细胞;按工作原理分类,有杂交型、合成型、连接型、亲和识别型等。由于生物芯片概念是随着人类基因组的发展一起建立起来的,所以至今为止生物信号平行分析最成功的形式是以一种尼龙膜为基质的“cDNA阵列”,用于检测生物样品中基因表达谱的改变。

    基因芯片的相关技术

          生物芯片是将生命科学研究中所涉及的不连续的分析过程(如样品制备、化学反应和分析检测),利用微电子、微机械、化学、物理技术、计算机技术在固体芯片表面构建的微流体分析单元和系统,使之连续化、集成化、微型化。

           生物芯片技术主要包括四个基本要点:芯片方阵的构建、样品的制备、生物分子反应和信号的检测。1、芯片制备,先将玻璃片或硅片进行表面处理,然后使DNA片段或蛋白质分子按顺序排列在片芯上。2、样品制备,生物样品往往是非常复杂的生物分子混合体,除少数特殊样品外,一般不能直接与芯片反应。可将样品进行生物处理,获取其中的蛋白质或DNA、RNA,并且加以标记,以提高检测的灵敏度。3、生物分子反应,芯片上的生物分子之间的反应是芯片检测的关键一步。通过选择合适的反应条件使生物分子间反应处于最佳状况中,减少生物分子之间的错配比率。4、芯片信号检测,常用的芯片信号检测方法是将芯片置入芯片扫描仪中,通过扫描以获得有关生物信息。

    1、芯片制备

           目前制备芯片主要以玻璃片或硅片为载体,采用原位合成和微矩阵的方法将寡核苷酸片段或cDNA作为探针按顺序排列在载体上。芯片的制备除了用到微加工工艺外,还需要使用机器人技术。以便能快速、准确地将探针放置到芯片上的指定位置。

    2、样品制备

          生物样品往往是复杂的生物分子混合体,除少数特殊样品外,一般不能直接与芯片反应,有时样品的量很小。所以,必须将样品进行提取、扩增,获取其中的蛋白质或DNA、RNA,然后用荧光标记,以提高检测的灵敏度和使用者的安全性。

    3、杂交反应

           杂交反应是荧光标记的样品与芯片上的探针进行的反应产生一系列信息的过程。选择合适的反应条件能使生物分子间反应处于最佳状况中,减少生物分子之间的错配率。

    4、信号检测和结果分析

           杂交反应后的芯片上各个反应点的荧光位置、荧光强弱经过芯片扫描仪和相关软件可以分析图像,将荧光转换成数据,即可以获得有关生物信息。 基因芯片技术发展的最终目标是将从样品制备、杂交反应到信号检测的整个分析过程集成化以获得微型全分析系统(micro total analytical system)或称缩微芯片实验室(laboratory on a chip)。使用缩微芯片实验室,就可以在一个封闭的系统内以很短的时间完成从原始样品到获取所需分析结果的全套操作。

    基因芯片的应用

           在实际应用方面,生物芯片技术可广泛应用于疾病诊断和治疗、药物筛选、农作物的优育优选、司法鉴定、食品卫生监督、环境检测、国防、航天等许多领域。它将为人类认识生命的起源、遗传、发育与进化、为人类疾病的诊断、治疗和防治开辟全新的途径,为生物大分子的全新设计和药物开发中先导化合物的快速筛选和药物基因组学研究提供技术支撑平台。

    1、药物筛选和新药开发
           由于所有药物(或兽药)都是直接或间接地通过修饰、改变人类(或相关动物)基因的表达及表达产物的功能而生效,而芯片技术具有高通量、大规模、平行性地分析基因表达或蛋白质状况(蛋白质芯片)的能力,在药物筛选方面具有巨大的优势。用芯片作大规模的筛选研究可以省略大量的动物试验甚至临床,缩短药物筛选所用时间,提高效率,降低风险。

           随着人类基因图谱的绘就,基因工程药物将进入一个大发展时期,在基因工程药物的研制和生产中,生物芯片也有着较大的市场。以基因工程胰岛素为例,当我们把人的胰岛素基因转移到大肠杆菌细胞后,我们就需要用某种方法对工程菌的基因型进行分析,以便确证胰岛素基因是否转移成功。过去人们采取的方法叫做“限制性片段长度多态性”(简称RELP),这种方法非常地烦琐复杂,在成本和效率方面都不如基因芯片,今后被芯片技术取代是必然的趋势。通过使用基因芯片筛选药物具有的巨大优势决定它将成为本世纪药物研究的趋势。

    2、疾病诊断
           基因芯片作为一种先进的、大规模、高通量检测技术,应用于疾病的诊断,其优点有以下几个方面:一是高度的灵敏性和准确性;二是快速简便;三是可同时检测多种疾病。如应用于产前遗传性疾病检查,抽取少许羊水就可以检测出胎儿是否患有遗传性疾病,同时鉴别的疾病可以达到数十种甚至数百种,这是其他方法所无法替代的,非常有助于“优生优育”这一国策的实施。又如对病原微生物感染诊断,目前的实验室诊断技术所需的时间比较长,检查也不全面,医生往往只能根据临床经验做出诊断,降低了诊断的准确率,如果在检查中应用基因芯片技术,医生在短时间内就能知道病人是哪种病原微生物感染;而且能测定病原体是否产生耐药性、对哪种抗生素产生耐药性、对哪种抗生素敏感等等,这样医生就能有的放矢地制定科学的治疗方案;再如对具有高血压、糖尿病等疾病家族史的高危人群普查、接触毒化物质人群恶性肿瘤普查等等,如采用了基因芯片技术,立即就能得到可靠的结果,其他对心血管疾病、神经系统疾病、内分泌系统疾病、免疫性疾病、代谢性疾病等,如采用了基因芯片技术,其早期诊断率将大大提高,而误诊率会大大降低,同时有利于医生综合地了解各个系统的疾病状况。

    3、环境保护
           在环境保护上,基因芯片也广泛的用途,一方面可以快速检测污染微生物或有机化合物对环境、人体、动植物的污染和危害,同时也能够通过大规模的筛选寻找保护基因,制备防治危害的基因工程药品、或能够治理污染源的基因产品。

    4、司法
           基因芯片还可用于司法,现阶段可以通过DNA指纹对比来鉴定罪犯,未来可以建立全国甚至全世界的DNA指纹库,到那时以直接在犯罪现场对可能是疑犯留下来的头发、唾液、血液、精液等进行分析,并立刻与DNA罪犯指纹库系统存储的DNA“指纹”进行比较,以尽快、准确的破案。

    5、现代农业
           基因芯片技术可以用来筛选农作物的基因突变,并寻找高产量、抗病虫、抗干旱、抗冷冻的相关基因,也可以用于基因扫描及基因文库作图、商品检验检疫等领域。目前该类市场尚待开发。

    6、研究领域
           包括基因表达检测、寻找新基因、杂交测序、基因突变和多态性分析以及基因文库作图以及等方面。

    1、基因表达检测。
            人类基因组编码大约10万个不同的基因,仅掌握基因序列信息资料,要理解其基因功能是远远不够的,因此,具有监测大量mRNA(信使RNA,可简单理解为基因表达的中介物)的实验工具很重要。有关对芯片技术检测基因表达及其敏感性、特异性进行的研究实验表明芯片技术易于监测非常大量的mRNAs并能敏感地反映基因表达中的微小变化。利用基因芯片技术人们已比较成功地对多种生物包括拟南芥、酵母及人的基因组表达情况进行了研究,并且用该技术(共157,112个探针分子)一次性检测了酵母几种不同株间数千个基因表达谱的差异。

    2、寻找新基因。
          有关实验表明在缺乏任何序列信息的条件下,基因芯片也可用于基因发现,如HME基因和黑色素瘤生长刺激因子就是通过基因芯片技术发现的。3、DNA测序。人类基因组计划的实施促进了更高效率的、能够自动化操作的测序方法的发展,芯片技术中杂交测序技术及邻堆杂交技术即是一种新的高效快速测序方法。如使用美国Affymetrix公司1998年生产出的带有13.5万个基因探针的芯片就可以使人类DNA解码速度提高了25倍。4、核酸突变的检测及基因组多态性的分析。有关实验结果已经表明DNA芯片技术可快速、准确地研究大量患者样品中特定基因所有可能的杂合变异。对人类基因组单核苷酸多态性的鉴定、作图和分型,人线粒体16.6kb基因组多态性的研究等。随着遗传病与癌症相关基因发现数量的增加,变异与多态性分析必将越来越重要。
  • 缩略语:MCP-1
  • 模块度(Modularity)的概念。以无向网络为例,假设L为网络中所有边的个数。当我们把此网络划分为Nm个模块时,若s 为其中一子模块,而 ls为子模块中边数之和,ds为子模块中点的数之和,则模块度可表示为:sigma(1->Nm)(ls/L)-(ds/2*L)^2(见纸质版)。在确定了模块度的定义后,则鉴定基因模块的算法就是去如何优化模块度的最大值。在针对如何优化模块度的问题时,现有的算法大致采取两种策略:(1)随机算法(这里暂定为模拟退火法)(6,7);(2)贪心法(greedy)(7)。模拟退火法为随机算法的一种,它以物理中的固体退火为原理进行实现。因为算法能够以Metropolis准则接受次优解,所以从根本上避免了走入局部最优解的陷阱(尽管当温度趋于0的时候算法类似局部搜索法)。在此方法中,新解得产生过程为:随机合并两个子模块或者随机分开一个子模块以及随机交换两个不同子模块之中的任意两个点,其中每次降温过程共进行点交换 次,子模块运算次,降温次数视降温系数,初始温度,最优解重复次数而定(一般需要降温几千次)。算法特点为以较小的代价获得较优的解。尽管模拟退火法的结果较为准确,但其非常费时,只能适用于小规模的生物网络。而贪心算法尽管可以在较短时间对大规模生物网络进行分析,但其得到的模块有精确度较低的缺点。
  • Peleman 和 van der Voort 对“设计育种”( Breeding by design ) 这一名词进行了商标注册,他们认为分子设计育种应当分3步进行:(1)定位所有相关农艺性状的 QTL;(2)评价这些位点的等位性变异;(3)开展设计育种。这里结合我们在水稻上的一些研究结果说明分子设计育种的过程。
  • 一种通过临床下调基因表达带来的生物学功能改变的策略
  • 科学家们可能正处于发现一个预防失明新方法的边缘。最近,科学家们新发现一种天然蛋白_神经丝氨酸蛋白酶(neuroserpin)能保护眼睛免受因青光眼带来的失明。

    视神经纤维将视网膜(即眼睛后面的光敏组织)连接到大脑的神经纤维簇。其损伤将破坏视觉信号并传播给大脑,这可能导致视力丧失和失明。青光眼是一些损害视神经的疾病的概括术语。

    青光眼最常见的诱因是眼压升高,后者可能会损伤视神经。然而,发生视神经损伤的精确机制尚不清楚,但澳大利亚麦考瑞大学的研究人员可能已经发现了一些。

    研究小组发现,称为神经丝氨酸蛋白的蛋白质在视网膜健康中起关键作用,但是这种蛋白质在青光眼发生时失活。他们说他们的研究结果可能催生出我们所急需的预防和治疗该疾病的策略。

    麦考瑞大学医学与健康科学系的主任VivekGupta博士及其同事们最近在“科学报告”杂志上发表了他们的研究成果。

    目前已经证实了神经丝氨酸蛋白酶可阻断称为纤溶酶的酶的活性的蛋白质,来保护神经元或神经细胞免受纤溶酶诱导的损伤。此项研究中,Gupta博士及其同事开始确定神经系统和纤溶酶如何受青光眼的影响。
  • 缩略语:FOS
  • 名称来源于B细胞淋巴瘤/白血病-2(B-cell lymphoma/Leukemia-2,bcl-2),最早由Tsujimoto(1985)从伴有14、18染色体易位的淋巴瘤细胞中发现,在正常人体内位于18号染色体,在患者易位于14号染色体。bcl-2 是目前发现的与凋亡关系密切的原癌基因之一,能够编码 bcl-2α(26KD)和 bcl-2β(22KD)两种蛋白质,是膜的整合蛋白,主要存在于线粒体外膜、核膜及部分内质网中,它很少与其他生化机制已清楚的蛋白同源。bcl-2蛋白在正常组织自身稳定方面起重要作用

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